延续前一集的剧情狮子亚历克斯（本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克 Chris Rock 配音）、长颈鹿迈尔曼（大卫·休默 David Schwimmer 配音）、河马格洛里亚（贾达·萍克·史密斯 Jada Pinkett Smith 配音）以及企鹅们为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约对一架破旧的失事飞机进行维修改造并成功起飞当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时飞机却意外降落迫降到了非洲大草原上在这儿狮子亚历克斯终于见到了它的父母但是由于生活习性上太多不一样而且言行举止各异使得这群纽约来的动物们显得格格不入这群昔日纽约中央公园的动物明星们在这野外艰难的环境中应该怎么办虽然在这儿遇见了自己的同类但因为习性不同使得自己无法完全融入他们的群体为了能融入环境与同类们建立良好的关系大家都是施展各种招式笑料百出