2125年为了寻找新的能源（人口爆炸到一百来亿了）太阳系开发机构决定推进“木星太阳化计划”定于2140年实现这一计划驻扎在前线基地“米涅瓦”的计划主任本田英二（三浦友和）就在这时候与失去联系多年的恋人马利亚重逢了但是他不知道的是玛丽亚是旨在破坏这一计划的极端环保组织“木星教团”的破坏小组组长　　在宇宙语言学家威廉姆的帮助下英二乘坐木星探查艇“JADE－III”探访了数万年前来访的宇宙人的飞船“木星之魂”　　另一方面英二的朋友PILOT KING和天文学家井上乘坐的宇宙船遇难调查的结果是遭遇黑洞所致太阳系面临被黑洞吞噬的危机　　解决危机的方法只有一个通过引爆木星来改变黑洞的轨道（剧组在这个问题上花了很大的精力甚至动用了计算机做考证和计算工作）英二与基地内人员一起为挽救太阳系而努力的时候玛利亚带人杀进了基地